A Série C do Brasileiro, que ao longo dos anos recebeu várias denominações, já teve 37 edições desde sua primeira disputa em 1981. A competição não ocorreu de 1982 a 1986, assim como nos anos de 1989, 1991 e 1993. A partir de 1994, a Terceira Divisão começou a apresentar uma regularidade que se manteve até os dias atuais. Durante esse período, o Paysandu participou de 14 edições do torneio, conquistando três acessos à Série B do Campeonato Brasileiro. O primeiro ocorreu em 2012, e o mesmo feito foi alcançado nos anos de 2014 e 2023.

Na Série C de 2012, com 20 clubes no sistema de pontos corridos, iniciado em 2006, e tendo o Oeste-SP como campeão, o Papão terminou sua participação na 4ª posição, garantindo uma vaga no G4. Em 22 partidas, a equipe bicolor conquistou 30 pontos, resultado de sete vitórias e nove empates. A equipe foi derrotada seis vezes. Além de Oeste e Paysandu, as equipes Icasa-CE e Chapecoense-SC também foram promovidas para a Segundona.

Em 2014, no segundo acesso do time bicolor, a campanha foi ainda mais destacada do que a de 2012. O Papão finalizou sua participação no campeonato na segunda posição, acumulando 37 pontos, enquanto o Macaé-RJ foi coroado campeão. Em 24 partidas, o time bicolor conquistou dez vitórias, sete empates e sofreu sete derrotas. Em 2023, assim como em 2012, o Papão encerrou o G4, que foi liderado pelo Mirassol-SP. Em 25 partidas, o time bicolor conquistou 39 pontos, com 11 vitórias, seis empates e oito derrotas.

AS PARTICIPAÇÕES DO PAYSANDU NA SÉRIE C
- 1987 – 2º colocado (Módulo Branco)*
- 1990 – 5º colocado
- 2007 – 62º colocado
- 2008 – 12º colocado
- 2009 – 8º colocado
- 2010 – 6º colocado
- 2011 – 6º colocado
- 2012 – 4º colocado
- 2014 – 2º colocado
- 2019 – 5º colocado
- 2020 – 7º colocado
- 2021 – 8º colocado
- 2022 – 7º colocado
- 2023 – 4º colocado
Segundo o regulamento original do Brasileirão de 1987, os 12 primeiros colocados dos Módulos Azul e Branco seriam promovidos à Série B de 1988. Em outras palavras, o regulamento não deixava claro se seriam os 6 melhores de cada módulo ou os 12 primeiros em uma classificação geral que incluísse tanto o Azul quanto o Branco. Na verdade, nada disso aconteceu, e alguns jogadores disputaram a Série B enquanto outros jogaram a C em 1988.
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