Desde 2006, ano em que o sistema de pontos corridos foi estabelecido nas divisões nacionais do futebol brasileiro, o Paysandu sofreu quatro rebaixamentos da Série B para a Série C do Campeonato Brasileiro. Esse histórico desfavorável coloca a equipe paraense entre os três clubes com mais rebaixamentos para a terceira divisão durante esse período.

Em quatro ocasiões diferentes, o Paysandu foi rebaixado da Série B para a Série C. Os anos de 2006, 2013, 2018 e 2025 foram marcados por quedas.
A primeira ocorreu no Campeonato Brasileiro Série B de 2006, durante o período analisado. Naquela temporada, o clube terminou a competição entre os quatro últimos times. Esse rebaixamento foi o segundo seguido para o Paysandu, que havia participado da Série A no ano anterior, em 2005. Em 2006, o time de Belém foi rebaixado juntamente com Guarani-SP, São Raimundo-AM e Vila Nova-GO.

O clube acabaria rebaixado para a Série C no Campeonato Brasileiro da Série B de 2013, naquela temporada o Paysandu ficou em 18º lugar. A equipe foi rebaixada junto com Guaratinguetá-SP, São Caetano-SP e ASA-AL.
A terceira queda aconteceu no Campeonato Brasileiro Série B de 2018. A confirmação da queda ocorreu na rodada final do torneio, quando o Paysandu foi derrotado pelo Atlético Goianiense por 5 a 2, em um jogo realizado em casa, no estádio Curuzu. Sampaio Corrêa-MA, Juventude-RS e Boa Esporte-MG também foram rebaixados para a Série C de 2019.

A mais recente queda do Paysandu ocorreu neste ano, quando o time terminou a Série B de 2025 na última posição, antes mesmo do término da competição. A campanha foi marcada pelo pior rendimento do clube na história dos pontos corridos do torneio, com rebaixamento confirmado antes do término.
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